Carlos VIII de Francia deseando quedar libre de conflictos sobre el condado para poder intervenir en Nápoles de nuevo lo cedió al emperador Maximiliano y a su hijo Felipe el Hermoso por el Tratado de Senlis (1493).
Junto a los Países Bajos, el Condado de Borgoña pasó a pertenecer a la Monarquía Hispánica. Sucesivos reyes franceses, desde Luis XI hasta Luis XIV, libraron numerosas guerras en un intento por reconquistar el Condado de Borgoña, sin éxito.
En 1512, el condado fue incluido en el círculo imperial que incluía principalmente los antiguos estados de Borgoña. Geográficamente, el círculo se componía de dos partes diferenciadas: el Condado de Borgoña al sur y los Países Bajos de Borgoña al norte (lo que hoy es Bélgica, Luxemburgo, Países Bajos y partes del norte de Francia. Por lo tanto, la provincia estaba incluida en el gobierno de los Países Bajos, por lo que los consejos colaterales tenían jurisdicción sobre el condado.
Durante el reinado de Carlos V en el siglo XVI, el Condado de Borgoña era una región próspera al abrigo de las disputas entre Francia y España, así como de Austria, gracias a su estatus especial garantizado en varios tratados de neutralidad con los cantones suizos vecinos. La viticultura y la artesanía fueron en aumento y el comercio floreció tanto con Francia como con el Sacro Imperio.
Tras la abdicación de Carlos V, Felipe II se convierte en rey de España y conde de Borgoña. El nuevo rey se acabaría involucrando en la lucha contra el protestantismo que se estaba extendiendo por el Condado de Borgoña, cerca tanto de Suiza como del condado de Montbéliard.
Finalmente el Condado de Borgoña se incorporó a Francia tras la firma del tratado de Nimega en 1678. (Tomado de Internet)