La capilla fue construida gracias al mecenazgo de Don Baltasar Navarro de Arroita (también citado en documentos de la época como Baltasar Sebastián de Arroita o Baltasar de Navarra). Inició el proyecto de la capilla siendo canónigo de la Catedral de Teruel y posteriormente fue nombrado obispo de Tarazona (cargo que ocupó entre 1631 y 1642). El obispo presentó el proyecto de reforma en el año 1637 para transformar el espacio (antiguamente dedicado a Santo Tomás de Canterbury) en la actual suntuosa capilla barroca, cuyos trabajos se prolongaron y completaron totalmente hacia 1657.
EL ESCUDO
El escudo heráldico de Don Baltasar Navarro de Arroita (a veces documentado como Baltasar Sebastián de Arroita) fusiona sus armas familiares linajudas con las insignias de su estatus eclesiástico como obispo de Tarazona. El escudo se presenta dividido (partido y cortado) para integrar los apellidos de su linaje hidalgo arraigado en Aragón (nacido en la localidad turolense de Visiedo). Armas de Navarro: Tradicionalmente representadas en la heráldica aragonesa por un árbol (encina o roble) de sinople (verde) terrasado, que suele estar acostado de dos lobos pasantes o cargado con un escudo menor. Armas de Arroita (o Arroyta), linaje de origen vasco-navarro asentado en tierras aragonesas. Su blasón clásico muestra una franja o elementos geométricos acompañados de pizarras o losas de piedra (en alusión al significado en euskera de arroit, "peñasco" o "lugar de piedras"), combinadas con motivos de estrellas o lobos.
ELEMENTOS EXTERNOS AL ESCUDO
El capelo pastoral, sombrero de ala ancha que corona el escudo. Las borlas eclesiásticas, cordones que penden a ambos lados del escudo. Al corresponder al rango de obispo, se disponen en un orden de 6 borlas a cada lado (distribuidas en tres series, sumando un total de 12 borlas de color verde (sinople). La cruz heráldica: Una cruz pastoral de un solo travesaño acolada de forma vertical detrás del campo del escudo
El haz o gavilla de flechas, es el atributo principal y más común en la representación heráldica de San Sebastián. Se blasona como un conjunto de flechas unidas o cruzadas (frecuentemente atadas con una cinta). Las flechas simbolizan su primer martirio (cuando fue asaeteado por orden del emperador Diocleciano).
Al tratarse de un clérigo y obispo, Navarro de Arroita no podía ser caballero de una orden militar de caballería como Santiago. Sin embargo, hay confusión en este tema. Pudo tener simpatía por esta orden militar.
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